Le point de départ biblique se trouve au pied de la croix. Jésus confie sa mère au disciple bien-aimé et demande au disciple de la recevoir comme sa mère. Jean 19:26–27 ne dit pas où Marie vécut ensuite, mais ce geste d’accueil est devenu pour la tradition chrétienne une puissante scène de confiance et de responsabilité.
Le lien avec Éphèse repose sur l’ancienne mémoire ecclésiale selon laquelle Jean y passa ses dernières années. Certaines traditions en ont conclu que Marie l’avait accompagné. La petite maison de pierre près de Selçuk, remise en lumière au XIXe siècle, est devenue un pèlerinage catholique. Aucun document continu depuis le Ier siècle ne permet toutefois d’identifier avec certitude l’édifice comme sa demeure.
L’importance mariale d’Éphèse est historiquement certaine sur un autre point: le concile de 431 y confirma le titre de Theotokos, Mère de Dieu, au cœur du débat sur l’identité du Christ. Dans son homélie prononcée près du sanctuaire en 2006, Benoît XVI réunit le concile, la parole de la croix et la prière vivante. Le lieu fait ainsi se rencontrer une histoire documentée et une tradition catholique vénérée, sans les confondre.